原本为我回答问题的答案，我个人觉得可以单独拿来做一篇文章
骊山四顾，阿房一炬，当时奢侈今何处？只见草萧疏，水萦纡。至今遗恨迷烟树。列国周齐秦汉楚，赢，都变做了土；输，都变做了土。
——张养浩《山坡羊·骊山怀古》
当年项羽进了咸阳城烧杀抢掠，杀光了秦国所有官吏及学士，接着一把大火，烧光了阿房宫(可能是咸阳宫)，也烧光了先秦时期的所有文明积累，其中包括诸子百家的经典，这些经典涉及哲学，法学，农学，兵学，建筑学，礼学，史学，文学，玄学，社会学，天文学，冶炼学，及音乐，舞蹈等等，还有接下来要讲到的医学。
上古七家医学的其中六家在这场中华文明大浩劫中永远的消失了，只剩下《黄帝内经》一部还是残卷流传下来，正史无明确说法，野史对于《黄帝内经》流传下来的说法有二，第一种说法是太医令丞李氏动用了全族的力量，冒火抢救出了《黄帝内经素问》及《黄帝内经针经》两部。第二种还是这个李太医，以公谋私私藏了《内经》的翻版，这在秦法中不但是重罪，而且是要处以黥刑后罚鬼薪的，严重的要腰斩。但是正是因为其私心和胆大妄为，《黄帝内经》得以保存。有人问为什么要举族？要知道当时都是竹简帛书记录，医家属于技术类所以用帛书记录的几率很低，帛绢秦汉时期是很珍贵的材料，而且不易保存，所以《黄帝内经》很大的几率是竹简记录的，足足得装满一个几十平米的房间，所以举族抢救是不奇怪的。
就这样《内经》流传了下来，成为了中医四大经典之首。成为了后世医家所有的理论根据的来源不可撼动。
这里不说三国，三国时期中医是积极进步的，因为张机《伤寒杂病论》的问世，总结了理法方药的治疗方法。
时间辗转到了晋代，出现了晋惠帝这样的百姓无粮何不食肉羹？中华文明的第二次文化大浩劫来临了。八王之乱接着五胡乱华将洛阳抢了底朝天，可怜华夏文明好不容易得到的几百年恢复再一次毁于一旦。幸好，造纸术的发明，普及了书本，让知识的传播更加广泛，使《内经》残卷在民间得以流传保存。
时间到了唐代，《内经素问》的版本多的数不胜数，而且针经即《灵枢经》《明堂经》两部总称，早已经丢失了数百年，而且很多曲解了内经的.本意。王冰站了出来，在官家民间甚至去盗墓贼手中搜集内经素问残卷，功夫不负有心人，《补注黄帝内经素问》校正出版了，后来的《素问》我们今天看到的《素问》就是王冰的版本基本无变化。
时间到了北宋宋哲宗时期，高丽国节度使带着一部珍贵的医经来到大宋祈求交换治国安邦的《册府元龟》，这对于大宋来说无疑是一个亏本买卖，苏轼极力劝诫认为《册府元龟》乃是治国根本。然而宋代是一个重视医学的朝代，期间不但修著了《证类本草》《太平惠民和剂局方》《太平圣惠方》支持王唯一制作针灸铜人等等，还开设和剂局，惠民局，真正的全民医保，也是最早的医疗保障体系。再说宋哲宗最终排除众议，换回了《黄帝针经》。后整理为《灵枢经》《明堂经》两部。《黄帝内经》三部终于以全貌示众于天下。
时间辗转到中华文明第三次大浩劫，蒙古国的迅速崛起，预示了宋联蒙抗金的政策彻底失败，蒙元在灭了金后转而以打迂回战术纵横宋全境，将宋代小皇帝以及十万军民围困崖山之上，最终皇帝携十万军民跳海殉国，大宋灭亡，华夏文明又一次遭遇了大浩劫，书籍尽毁，针灸铜人丢失，《明堂经》也被焚毁。据说一具铜人流失到了日本，日本东京博物馆中的针灸铜人就是王唯一铸造的针灸铜人，连同其《黄帝内经太素》(内经的一个版本，内容雷同内经，但有独到的地方)。但日本对其矢口否认，有待考证。
而我们现在看到的版本就是缺失了《明堂经》 的版本，这也就是为什么《灵枢经》只有穴位和治法等，没有对经络腧穴单独讨论的原因。因为我们所看到的《黄帝内经》并非完全版。
最后一个时期也就是古代最后一个文化大浩劫《四库全书》的修订，乾隆将所有带明字眼的书全部焚毁了，《内经》的很多篇幅被改的面目全非，让内经原文本就是经历了三次大换血的情况下，再一次曲解了。有人读内经说前言不搭后语，前后意思矛盾，请不要怪岐伯黄帝，跟他们没关系。
尽管如此，《黄帝内经》依然是中医四大经典之首，一千九百多年的风雨飘摇依旧没有撼动其统治中医思想的地位。中医的历史就是华夏的历史，一本《黄帝内经》书写了华夏文明的荣耀和屈辱以及血泪。
中医丢了外科，丢了伤科，丢了古推拿科，丢了祝由科，以及那些问世了还没得以传播的知名的和不知名的医书。
这就是《黄帝内经》的重大变故的历史何其文献地位，历史地位及学术地位了。
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