与经典物理学 大不相同，近代物理学理论出现新的转折，对宇宙观的深入探索表明关于物质“基本结构单元”的概念根本无法成立，甚至连基本粒子都不存在。物质的质量与能量之间能够相互转换，粒子不过是过程，而不是物体。这对有着悠久实体观的人类来说，无疑是一种惊世骇俗的观念冲击。直到今天，许多人依旧无法认同，还在继续追寻着宇宙的基质。
德国物理学家，诺贝尔奖得主海森堡对这种转变有过准确的描述：“在近代物理学中，我们不是把世界分成不同组的物体，而是分成不同的关联。……我们所能识别的只是在某个现象中最为重要的那种联系。……世界就是这样地表现为事件的复杂结构，不同类型的联系在其中交错、重叠或者结合，从而决定着整体的结构”。新物理学不再执着于探寻世界的本体，对实体的渴望大大降低，而是强调关联性，结构性和整体性。
在粒子物理学中有一派与众不同，它认为不能把自然界归结为一些基本的实体。自然界的各种成分既互相组成，又组成它们自己，我们不得不完全通过自然界本身的自洽性来认识自然界。这种观念被称为“靴袢（念pàn）”假说。一方面这种思想发展成一种普适的，关于自然界的“靴袢”哲学；另一方面建立了关于粒子的特殊理论。 这一理论是由丘（G.Chew）提出，他认为在两个强子的强相互作用中没有任何粒子表现为单独负责传递相互作用力，每个粒子的存在都对它与其他粒子之间的作用力有贡献。且强子是互为组成部分。基本粒子不具有内部结构，而是“相互组成”与“完全平等”的，具有“核民主”。这无疑在粒子物理学中是离经叛道的，然而却越来越为人们所接受。以致于形成靴袢哲学，其观念逐渐流行起来。
靴袢假说不仅否认物质基本成分的存在，而且不承认任何基本的实质，也就是不承认任何基本的定律、方程式或原理，从而抛弃关于自然基本定律的概念，而这种概念几百年来一直是自然科学必不可少的一个部分，它来源于对神圣的立法者的信仰，深深地植根于犹太教与基督教所共有的传统之中。 不仅否定了物质的基本成分的实存性，还否定了基本规律、方程和原理，意味着物理学的根基都动摇了。
现代物理学家基本上都认识到，所有关于自然现象的理论，包括他们所描述的“法则”，其实都是人类思维的产物，是我们关于实在的概念图像的性质，而并不是实在本身。 于是以相对论与量子物理为支柱的现代物理学逐步取代经典物理学。
令人惊讶的是近代以来不少物理学观念与东方神秘主义思想竟然不谋而合。不论是古老的印度教、佛教和道家思想，还是中国化后的禅宗，它们的整体观、统一性、联系观以及去实体化的空、无和道的本体论都与现代物理学的主要观点有着骇人的相似性。靴袢哲学与东方神秘主义主要流派的观点一致，都认为宇宙是一个相互联系的整体，其中没有任何部分比其他部分更为始基。因此，任何一个部分的性质都取决于所有其他部分的性质。美国理论物理学家卡普拉（F.Capra）在《物理学之道》一书中，广泛而深入地探究近代物理学的最新成果和东方神秘主义——印度教、佛教、易学、道家和禅宗之间相似性，表明这种直觉思维的神秘主义与科学理性思维具有同样的重要性。“神秘主义思想为当代科学理论提供了坚实而恰当的哲学基础，在这种宇宙观之中，科学发现能够与精神上的目标和宗教信仰完全和谐一致”。
而今探究科学与人文和宗教之间关系的学者愈来愈多，他们不再像启蒙时代科学家那样将神学置于科学之下——并进一步割裂它们的联系，而是逐渐认识它们之间的关联性。神秘主义的直觉体悟性思维对于强调理性思维的科学不仅具有相通性，而且还能够带来意想不到的启发。如果二者能够有机融合，将会催促科学开出更为炫目的花朵来。正如海森堡所言：如果它们真正地汇合，也就是说，如果它们之间至少关联到这样的程度，以致于发生真正的相互作用，那么我们就可以预期将继之以新颖有趣的发展。
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