《内经》全书由162篇文章组成，由于书出众手，又非一次性结集而成，所以风格上有很大的差异。
如以篇幅而论，各篇内容长短悬殊，《素问•经络论》全篇只有一百四十余字，而《素问•至真要大论》却长达六千余字。若以行文风格而论，也有明显的差异，有的像汉赋一样辞藻华丽，有些则古朴质直。
此外，从文章的论述主题来看，也存在较为分散的问题，162篇文章的排列顺序似也没有明显的逻辑。同一问题会在不同的文章中出现，而同一篇文章中可能论述到不止一个问题，甚至某些问题的论述中，还存在前后矛盾之处。
如果能够了解《内经》成书和流传过程的复杂，这些差异的产生其实都不难理解。可是，对于刚接触《内经》的人来说，就难免会产生凌乱的感觉。
如果有这种情况，不妨借助于一些后世学者对《内经》进行分类研究的著作。如明代医家张介宾花费三十年时间，将《素问》与《灵枢》既有顺序完全打乱，根据论述的主题重新分类编排为《类经》，共分为十二类：摄生、阴阳、藏象、脉色、经络、标本、气味、论治、疾病、针刺、运气、会通。显然，经过这样的分类归纳，再去理解《内经》所论述的主题，自然方便了许多。
事实上，现在的中医院校中医基础理论和《内经》教材中，也多采取这种分类的单元形式。
那么，《内经》中主要讲了哪些内容呢?虽然从古到今，对《内经》分类上会有一些区别，但一般而论，大体上都会包括如下内容：养生、阴阳五行、藏象、经络、病因病机、诊法、治则治法、针刺、五运六气等。这其中，有些可能一看便明白其意，如养生、阴阳五行等，有些则可能较为费解，不妨选择一些略加说明。
养生是关于健康与长寿的探讨，《内经》第一篇《上古天真论》就是养生专章，全书含有丰富的养生内容，称得上是一部养生宝典。《内经》以“不治已病治未病”的预防思想为主旨，不仅确立了中医养生的基本原则，如天人合一、恬淡虚无、形神共养、动静得宜等，而且也有具体的养生方法，凝结了古人在养生方面的智慧，值得珍视。
藏象学说是《内经》理论的核心内容，它是以五脏为中心，将六腑、五体、五官、九窍、四肢百骸等人体的各部分组织器官分为五大系统，通过经络、气血等贯通在一起。认为人体是一个有机的整体，各脏腑组织虽然在功能上各有分工，但是并不孤立，而是通过经脉连属、气血流贯，相互联系。
经络严格上来说属于藏象系统，不过因为它非常重要，又具有相对独立性，所以往往单列。经络主要包括经脉和络脉，是人体内气血流贯、沟通脏腑形体官窍、联系上下内外、感应传导信息的网络状系统。经络学说是针刺技术的理论基础，在中医理论与临床上均具有特殊的学术价值。
病因和病机主要研究疾病的发生和发展变化。二者有密切联系，又有各自的重点。
病因即疾病产生的原因，主要探讨疾病为什么会发生，以及发生的性质、致病特点与规律。《内经》认为疾病的发生主要是自然界气候的异常变化(六淫)与人体自身情志不调(七情)两大原因造成。
病机又称病理，指疾病在人体内发生种种变化的机理，《内经》主要以邪正盛衰、阴阳失调、升降失调等阐释病变的原理，认为病机与人体的体质强弱、致病因素的性质有密切关系。
诊法顾名思义，即诊断疾病的方法。《内经》中已经确立了以“望闻问切”为主的诊断方法系统，强调诊察疾病应该“四诊合参”。其中对于察色与切脉的论述最详细，仅脉象就记录了170余种，并总结出了“遍诊脉法”、“三部九候诊法”、“人迎寸口脉诊法”、“寸口脉诊法”等，对于临床治疗有很大的指导价值。
治则治法就是治疗疾病的原则与方法。《内经》中不但有较为完备的治疗理论，如正治发治、治标治本、三因治宜等，而且记载了许多具体的治疗方法，如砭石、针刺、艾灸、药物、导引、按摩等，其中对于针刺疗法的阐述最为详尽，从针具的选择、针刺的原理、针刺手法、针刺宜忌等均有详细的阐述，而药物的方剂，全书只有十三方。
五运六气简称运气，是研究自然界天体运行与气候变化对人体生理、病理、疾病流行等产生的影响。它以一甲子(六十年)为一周，将天干与五运结合，地支与六气结合，形成了六十种气象变化的类型，研究自然界气象变化与人体健康和疾病的流行关系。
从上面的简要介绍可以看出，《内经》确是一本内容极为丰富的医书，从疾病的发生变化，到治疗原则与方法，乃至预防养生等方面都有系统的理论论述，形成了中医学的理论体系，它的产生也标志着中医基础理论的初步确立。
此后，虽然中医学理论仍然不断有所发展，但在基本原理上并未超越《内经》，所以，直到今天，《内经》在中医的临床诊疗中仍然居于指导地位。从这个角度来看，将《黄帝内经》称为中医的经典，确实名至实归。
但是，《内经》不只是一本治病的书而已，它主张“夫道者，上知天文，下知地理，中知人事，可以长久”，所以《内经》中也包含了丰富的天文、地理、哲学、心理学、气象学等知识，揭示了医学与天文、地理、社会等的密切联系，所以，与其说它是一本医书，还不如说是一部生命的百科全书更为恰当。
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