环境公益诉讼在我国法律上至今缺乏明文规定，这一开放性极强的话题也成为诸多学者争论的对象，尤其是对适格的环境公益诉讼的起诉主体的争辩更是激烈。从理论上讲，任何个人、组织和国家机关都可以依法提起环境公益诉讼，把任何一部分主体排除在外就等于剥夺了其关心环境公益的资格，但基于诉讼经济和诉讼秩序的考虑，有必要对提起环境公益诉讼的原告资格予以限制，由此引发了寻求环境公益诉讼适格原告的争议。
一、检察机关的原告主体资格
1. 赞同观点。几乎所有的支持环境公益诉讼的西方国家均允许检察机关直接以当事人的身份介入环境公益诉讼，因此不少学者认为我国检察机关介入环境公益诉讼的方式应该并只能是以原告的身份直接提起诉讼。理由主要是:
1. 1 检察机关对行政机关的监督应该是全面的、多种多样的。对于我国《行政诉讼法》第10 条规定的“人民检察院有权对行政诉讼实行法律监督”应当做全面的理解，这种法律监督不能仅限于事后监督，也应包括诉前、诉中的监督。对侵犯环境公益无人、无力起诉，公民不敢、不愿起诉的，检察机关以环境公益诉讼原告的身份参与到诉讼中来，可以更好的维护环境公益。
1. 2 检察机关是国家公益的代表人。根据我国《检察院组织法》第四条的规定，“人民检察院通过行使检察权……保护社会主义的全民所有的产和劳动群众集体所有的财产，保护公民私人所有的合法财产，保护公民的人身权利、民主权利和其他权利”。从法律赋予的职责来看，它实际上承担了维护社会公益的责任。同时，检察机关具有代表国家对侵害国家公共管理秩序的行为提起刑事公诉的职能。在刑事案件中，检察机关也可以代表国家利益提起附带民事诉讼，如果将这一职责延伸到环境公益诉讼领域，并不违反法律设置的初衷，且我国《检察官法》第六条规定的检察官的职责: 代表国家进行公诉，这里并没有明确必须是刑事公诉，因此还可以解释为民事公诉和行政公诉。如“江西省新余市渝水区检察院诉李某污染水源”一案，检察官在辩诉中指出，环境污染是社会公害，检察机关作为法律监督者，代表国家利益，运用公力救济的方式提起环境公益诉讼，应视为“有直接利害关系”，检方作为原告符合《民诉法》规定。
1. 3 检察机关较之行政机关，更加具有超脱性。环境公益诉讼针对的重要对象是行政行为，无论由政府，还是政府中的环境保护部门作为起诉主体，都存在既当裁判员又当运动员的可能，而检察机关则更能摆脱部门利益的局限。
2. 质疑观点: 第一是检察机关的地位问题。
2. 1 环境公益诉讼的性质与检察机关的性质和职责不相符合。我国的检察机关作为司法机关，主要负刑事公诉之责; 作为法律监督机关，主要是对其他司法机关适用法律的行为和行政机关的执法行为进行监督，而且往往是一种事后的司法监督。检察机关的确承担了一定的保护国家利益的角色，但是毕竟这种职能是有限的，我国现行法律并没有赋予检察机关对个人、企业提起公益诉讼的权力。
2. 2 据我国宪法和法律的规定，代表环境公共利益的国家机关并非检察机关。《宪法》第11 条规定: “国家保护环境和自然资源，防治污染和其他公害”。《环境保护法》第26 - 28 条明确规定国家环境保护的代表是环境保护行政主管部门，资源管理的代表是法律授权的代表国家行使国家所有权的机关。因而，对于侵害公众或国家环境资源权益的行为，环境保护机关应当以国家环境资源所有权代表人的身份提起公益诉讼，这也是其履行环境保护职责的重要形式之一。
2. 3 如果由检察机关包揽公益损害时的保护之责，不仅有越俎代庖之嫌，而且还会造成权力体系的混乱，一方面可能会公权力在早期阶段过分干涉私法领域，造成环境公益诉讼中控辩双方力量对比的失衡，不符合公平原则; 另一方面也不利于调动公众参与的积极性; 检察机关大量提起环境公益诉讼会分散其本就有限的人力、物力资源，从而影响其他检察职能的履行。
第二个问题是有不少学者论证了检察机关运用检察建议督促相关单位提起环境公益诉讼，将其作为一种有效的介入方式。但是检察建议作为缺乏规范性的手段，本身存在很多问题，也不具有强制的效力。第三个问题是环境纠纷解决的专业性决定了检察机关并非提起环境公益诉讼的最佳主题。环境纠纷中包含了大量的科技因素，需要采用专门的证据收集方法和技术手段，而这正是检察机关较环保部门相比所欠缺的。
3. 学者建议。有学者认为，既不能只构建通过修改诉讼法才能实现的检察机关介入环境公益诉讼的制度，也不应仅仅以现阶段无法律依据为由拒绝检察机关的介入。检察机关应作为环境公益诉讼的原告主体之一，且要对检察机关提起环境公益诉讼进行适当限制，因为独占的权利便可能会走向极端。检察机关提起环境公益诉讼，并非基于实体权利的享有和实体义务的承担，并不是环境污染与资源破坏的直接受害者，而是由其作为国家和社会公益代表人的特定身份而由法律特别授予的。故检察机关在环境公益诉讼中处于准原告的地位，应当进行适当的限制和调整。
一是范围限制: 应当合理限定检察机关提起环境公益诉讼的范围，使其既保护环境公益，又不超越检察职能。检察机关应主要针对国家利益和社会公共利益受害的环境事件提起诉讼，这类案件目前主要是涉及国有资产流失的环境保护案件和环境犯罪案件。二是处分权限制:检察机关一旦提起环境公益诉讼，不能随意撤诉，也不能与被告自愿和解，在庭审中也不能适用调解原则，对于检察机关提出撤诉与和解的，必须经法院批准。三是检察机关依然要承担一定的败诉责任。在环境公益诉讼中，被告方在胜诉后或其合法权益受到检察机关侵害后，有就其损失申请国家赔偿的权利，检察机关虽不能承担案件本身败诉的法律后果，但如果存在检察机关滥用诉权，恶意诉讼，损害被害人合法权益的情况下，要承担国家赔偿责任。四是方式的多样化。四是参与环境公益诉讼的方式调整: 西方的检察机关被视为国家的“公诉人”，而我国的检察机关在承担公诉职能的同时还是法律监督机关。就介入方式而言，美国主要就是直接起诉，而中国的介入方式可以多种多样，以当事人的身份直接起诉与抗诉、刑事附带民事诉讼、支持起诉等均可作为介入环境诉讼的方式。
二、环境NGO 的原告主体资格
1. 赞同观点。09 年7 月6 日，中华环保联合会以公益诉讼人身份，状告江苏江阴港集装箱有限公司环境污染侵权纠纷一案被江苏省无锡市中级人民法院受理，此案为我国环保NGO 公益诉讼“破冰”第一案。环境NGO 作为环境公益诉讼原告资格的优越性在理论和实践中展现开来: 一是环保NGO 因其非官方性和独立性特征，当政府不作为或不依法履行职责损害了环境公共利益时，由行政机关提起环境公益诉讼在理论上和实践中行不通，环保NGO 更适合在此情况下作为原告提起环境公益诉讼。二是与检察机关相比，尽管在环保实践中检察机关作为原告提起环境公益诉讼的案例可谓不少，但在理论上，学者们对检察机关能否作为环境公益诉讼的原告还存在诸多争议，而对环保NGO 的原告资格是一致认同的。三是弥补个人进行环境公益诉讼的不足。环境私益诉讼面临诉讼证据取证困难和专业技术鉴定困难这两个诉讼瓶颈。而环保NGO 是以环境保护为宗旨的非政府组织，1、环保NGO 关心社会公益，志愿加入环保NGO 的成员对环境事业具有强烈使命感，愿为伸张环境正义锲而不舍。2、环保NGO 的很多成员具有环境科学和法律方面的知识和技术，还可通过与政府、企业等沟通、协作获取更多资源，扭转信息不对称的劣势。3、公益诉讼的着眼点在“维护公益”，环保NGO 的宗旨就是保护环境，维护环境公共利益，性质相符。
2. 质疑观点。虽然前述的环保NGO 提起的环境公益诉讼已经成功立案，但是，环保NGO 环境公益诉讼仍然面临许多障碍: 第一个问题是不具有原告资格。传统的诉权理论认为，实体法没有明确赋予的权益，在诉讼法上就无法为其设立救济的诉权。按照这一理论，环保NGO 要成为原告必须享有一定的环境实体权利，这个权利被学者们称为环境权，当自己的这一权利受侵害或威胁时即可获得诉权，成为适格的原告。而环境权在我国尚处于理论研究之中，而且其关注的对象仅是个体公民或部分群体受损的利益，救济的权益主要是私益，不符合环境公益诉讼对“公益”关注的要求。我国《民事诉讼法》虽然规定社会团体可以支持受损害的单位或个人起诉，但对环境团体能否代表其成员起诉，法律存在欠缺。第二个问题就是现阶段我国公益组织的发达程度。从环保NGO 的'设立来看，由政府发起成立的环保民间组织占绝大多数，本应作为环保NGO 中坚力量的草根环保组织数量极其有限，且都依附于政府，本身还没有取得完全的独立地位。这些公益组织更多的是用于协调政府与公众的关系，往往没有诉讼主体资格。因此，在当前我国环保公益体制并不健全的情况下，仅仅依靠民众的自觉性与环保意识、法律意识来推动公益诉是远远不够的。
3. 学者建议。在欧洲，环保团体是提起环境公益诉讼的核心力量，允许符合一定标准的环保团体提起环境公益诉讼，这些标准主要是一些限制性条件: 被政府认可、成立有一定年限、有法律人格、所提起的案件与其组织目标相关、有良好的信用和以往表现等。对此我国可以结合国内环保团体的发展状况，采取国家认可的方式，赋予少数经过注册，成立已有一定年限，有一定活动范围、人员和资源的非营利性环保组织以环境公益诉权，在环保组织普遍发展得更为完善后，再将起诉权放宽。
三、环境行政机关的原告主体资格
根据《宪法》第11 条和《环境保护法》第26 - 28 条的规定，环境行政机关代表国家行使日常的环境监管权，对违反法律法规，破坏环境资源的行为进行监督检查，并行使相应的行政处罚权。《海洋环境保护法》第90 条进一步规定，破坏海洋环境并“给国家造成损失的”，由有关部门“代表国家对责任者提出损害赔偿要求”，其他资源管理部门如土地、森林、草原、水资源等行政主管部门也可以国家自然资源所有权代表人的身份，对破坏自然资源者提起环境公益诉讼。
由此不难看出环境保护部门也是国家利益和公共利益的代表者之一。因此，有学者建议应当赋予环境行政机关环境公益诉讼权，作为原告对侵害公众或国家环境资源权益的行为提起环境公益诉讼，以维护公共的环境利益。但是，( 1) 环保行政部门一般都隶属于地方政府，很难不受政府干预。我国目前很多地方环境污染得不到有效遏制，很大程度上是由于当地政府片面追求经济效益引起的。( 2) 大部分的环境专业鉴定和检测机构均隶属于环境行政部门，在环境公益诉讼中，他们本身可能是当事人，对于他们做出的结论，法院应当如何审查和认定也是建构环境公益诉讼制度需要解决的现实问题。
四、公民个人的原告主体资格
就个人而言，只要是年满18 周岁有完全行为能力的我国公民应该都可以依法提起环境公益诉讼，这是学界通行的观点。但是公民个人提起环境公益诉讼存在很多障碍难以克服:
在环境公益诉讼当中，当事人双方的地位和力量是极不平衡的。其一，是法律与鉴定技术明显失衡。环境污染和损害往往需要专业的技术和装备才能进行检测、鉴定和举证，普通公民很少具备这样的举证和鉴定的诉讼能力; 其二，公平与经济利益明显失衡。环境公益诉讼的诉讼主体和利益对象具有不确定性。这就有可能产生诉讼中的“搭便车”现象，个人提起环境公益诉讼不仅要付出金钱和精力，甚至还要承担败诉的风险，而一旦赢得诉讼，本人又并非唯一的受益主体，个人就会因此缺乏提起环境公益诉讼的动力，如果大家都不愿提起环境公益诉讼，那么环境公益又该怎么样维护? 由谁维护? 其三，诉讼费用负担沉重。由于环境问题的潜在性、长期性使得损害难以计算，环境的整体性、关联性使得损害的数额如果能计算也是庞大的。原告提起诉讼要预先交纳诉讼费，败诉还要全部承担诉讼费，负担沉重，一定程度上阻碍着公益诉讼的推进。
五、自然物种的原告资格
自然物种诉讼作为环境公益诉讼的一种表现形式，比其他公益诉讼更难获得人们的认可，因为“人类中心主义”法律观影响已经根深蒂固。但是随着环境伦理观和现代法理学的发展，有关自然权利及其法律化的讨论己日益深化，并且在一些国家开始了自然物种诉讼的实践。意大利、美国、挪威、德国、菲律宾等国于20 世纪60 年代后纷纷制定了《动物福利法》; 印度也在法律中规定了动物的诉讼权利。日本通过一个行政公益诉讼判例承认了野生鸟类的诉讼资格。我国在这方面也有所突破，北京大学法学院几位教授和学生因为松花江污染提起的以自然物( 鲟鳇鱼、松花江、太阳岛) 作为共同原告的诉讼，也成为国内第一起以自然物作为共同原告的环境民事公益诉讼。
1. 自然物种诉讼的理论基石: 蔡守秋教授认为，承认自然体的权利，对于保护环境资源、实现人与自然的和谐共处有积极意义，法律可以从只保护人的权利向同时保护人和自然的权利发展。高利红教授也倾向于承认动物的法律权利。她认为，法律是人类理性的一种表达形式，当我们认识到人与动物都是更大的整体的组成部分，法律完全可以重新约定动物的法律地位，赋予动物法律权利，这种约定不是仅仅出于人类自身狭隘的私利，而是出于人与动物之间的联系。“种际公平”和“自然物种权利”的讨论必然要反映在对诉讼法的冲击上，即是否考虑其他生命体对其所享有的权利而具有诉讼资格以及如何实现他们的诉权等。对于这个问题，虽然根据现行的诉讼法理论和规定，承认其他物种的诉讼资格还有些困难。但人类权利发展的历史也表明，权利体系是不断充实完善的。在当今社会，生态主义、环境公平和可持续发展已得到广泛认同，在福利国家迈向环境国家的过程中，自然的权利主体地位的承认也成为可能。所以，虽然由于自然权利理论的不严谨性而遭到很多批评，但自然的价值仍得到广泛的赞同。
2. 国外实践: 从20 世纪70 年代起，美国就有以动植物为当事人提起诉讼的记载。自然物种诉讼要获得法院的承认，需有两个条件: 一是法律对动植物的法律地位有明确的规定; 二是被告对自然物种的当事人地位不产生异议并同意人类作为原告，而人类原告提起的是公民诉讼。总体看来，即使在美国，由于人类中心主义法律观的影响，自然权利理论也还未成为司法判决的主流法理依据，美国的自然权利诉讼仍处在探索和相持阶段。
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