基础医学论文的撰写有其较为固定的格式和灵活的写作方法，但原则上按前须要求格式书写。一般由摘要和主体两大部分组成。
1. 摘要
摘要应言简意赅、短小精悍，总字数在300字之内，同时要有足够的信息量和吸引力，能够概括全文的主要内容，并可引起读者阅读全文的欲望。摘要应反映为什么做本研究、做了哪些工作，发现了什么、结果和结论如何，因此，摘要的内容包括研究目的、方法、结果和结论。根据医学论文的内容、性质以及信息量等因素，摘要一段分为结构式和非结构式两种写作方式。为便于国际文献检索系统收录，或满足相关期刊的要求，一般需附中英文摘要，两者要文意一致。
2.引言
引言应精练、简洁、明快，但又必须把研究中企图解答的问题交代清楚；主要回答为什么研究，概述立题的目的和国内外研究现状，简要说明该研究内容的理论基础或依据，当前研究的热点以及存在或尚待解决的问题；对预期成果自我评估要恰如其分，务必客观公正和实事求是地评价前人的研究工作及其成果；写作时不应与摘要雷同．也不宜列出本文结论。
3.材料与方法
这部分内容是科技论文的基石，为判断论文科学性、创新性和先进性的主要依据，对论文的质量起保证作用。应翔实、具体、准确地依次叙述研究工作是如何进行的，撰写时除了按前面所提及的要求之外，其具体写作方法可参阅本书第七章相关内容，在这里着重强调写作中应注意的问题。
3．1 客观准确 在材料与方法的描述上，务必客观准确，要具有可重复性；要避免主次不明，记流水账的写法，一般以不影响对论文的理解和同行进行重复试验为度；对药品、试剂等应写国际通用名，不得用商品名，对自制的试剂需说明制备过程和纯度的检验情况，以便重复验证。
3．2 规范具体 引用他人的方法应注明文献出处，如系较新的方法，除提供参考文献外，还应对其原理和方法作一说明；如对某方法进行了改进．或是自己创新的方法，则应具体、详细报述、以便他人学习和推广，切忌相互混淆。
4.结果
将实验所得的数据或资料进行审核，去伪存真，再对原始数据进行分析归纳和统计学处理，便司得出研究的结果。论文结果部分的写作应突出两个要点：一是结果部分必须是研究中主要发现的总体描述；二是结果部分的'数据要写得十分清楚而又简洁。
5.讨论
讨论是论文的精华部分，是对引言所提出问题的回答，是将研究结果表象的感性认识升华为本质的理性认识。作者根据自己的研究结果，再与国内外与此有关资料的理论、假说进行比较，通过严谨的思考、理论分析和科学推论，阐明研究成果所取得的新发现和新进展，并由此而导出结论，分析其理论与实践意义。
6.结论
己有摘要的论文，该部分可有可无，当灵活掌握及酌情处理。结论是论文最后的总结，是从正文中概括出来的精华部分，当讨论结果后便自然得出结论。撰写时应言简意赅，实事求是、恰如其分、符合实际、合乎逻辑，切忌虚构或渲染。结论集中体现了论文学术水平的高低、创造性的大小，在论文中占有举足轻重的作用。
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