汽车工程系是汽车工程职业学院的重点品牌专业系，是山东省十大实训基地之一，被国家六部委确定为汽车运用与维修专业技能型紧缺人才培养培训基地之一。 现设有汽车制造与装配技术、汽车检测与维修技术和汽车整形技术三个专业，在校生2289人。
汽车工程系利用世行贷款购置及教育部财政部奖励的设备价值达600余万元，拥有汽车电控综合实验室、汽车检测实训室、钣金与涂装实训室、自动变速器实训室、汽车电气实训室、发动机构造与维修实训室、底盘构造与维修实训室、电控发动机实训室，拥有各型现代汽车实训台、检测诊断仪器和维修设备150多台套，为学生掌握汽车制造、运用与维修技术创造了优良条件。
汽车工程系现有教师92人，其中副教授以上职称者10人；具有硕士及以上学位者41人；32人拥有汽车维修高级工证书或技师证书。有全国机械职业教育汽车专业教学指导委员会委员1人；有3名专业教师取得了德国汽车行会的证书；有教育部和山东省资助青年骨干教师国外访问学者5人；同时从企业聘请兼职教师20余人。