至此，自1952年院系调整以来所形成的四校分治的局面结束了。浙江大学由此停止了对苏联模式的使用，恢复了1952年之前的学科设置，重新成为了综合性大学。
1999年，浙江大学成为首批9所列入国家“985工程”建设计划的全国重点大学之一。
2007年1月21日，浙江大学恢复了1952年院系调整时停办的航空航天系，该系隶属于新成立的航空航天学院。
2009年上半年，浙江大学实行了学部制，全校调整为七大学部——人文学部、社会科学学部、理学部、工学部、信息学部、农业生命环境学部、医药学部。10月9日，中国的九校联盟（C9）启动，浙江大学成为联盟成员之一。
2012年6月10日，浙江大学成立了海洋学院，学院由海洋科学系、海洋工程学系、海洋信息学系和海洋经济管理系组成，隶属于工学部，位于浙大新成立的舟山校区。
2013年5月15日，浙江大学与英国帝国理工学院就建立联合学院事宜签署了“浙江大学——帝国理工联合学院合作谅解备忘录”，浙江大学成为中国首个在世界名校建立海外校区的高校。
2017年9月，浙江大学入选国家“双一流”A类（世界一流大学和一流学科）建设高校。