马来群岛主要的气候类型是热带雨林气候和热带季风气候。以下是部分举例：
其中印度尼西亚群岛所在地区受赤道带影响，形成了典型的热带雨林气候，气候特点为全年高温多雨，与此同时，受到地形等多种因素的影响，印度尼西亚群岛也有部分地区为热带季风气候。
另外，菲律宾群岛所在地区形成了典型的海洋性热带季风气候，气候特点可以概括为全年炎热、湿润，年分二季，受季风影响明显。
由于受到雨林气候和季风气候的影响，马来群岛所在地区的植被类型主要为热带雨林和热带季雨林，物种丰富多样，森林资源丰富，各种热带经济作物的适种使得马来群岛形成了重要的热带经济作物产区，农业经济的重要性显著。