芽轴是指将芽纵切，在放大镜下观察，可见芽中央的一个中轴。芽轴的顶端有生长点，在芽轴上部，节和节间界限不明显，芽轴周围有许多叶原基和芽原基。芽轴的下部，节与节间开始分化，芽轴被幼叶层层包裹着，保护着芽轴顶端的生长点。由此可见，芽轴是未发育的茎，它具有节间距离很小的节，节上有幼叶，叶腋里有侧芽，顶端有顶芽。芽轴发育为植物根与茎之间的部分。
胚轴是指子叶着生点与胚根之间的轴体。种子萌发后，发育成连接茎和根的部分。由子叶到第1片真叶之间的部分，称为“上胚轴”；子叶与根之间的一部分，称为“下胚轴”。胚轴发育为连接茎和根的部分。