学校前身是1926年5月创办的上海东南医学院。1949年底，响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”的号召，东南医学院内迁安徽省，成为安徽省第一所高等医科院校。1952年改名为安徽医学院。1985年更名安徽医科大学。
学校现有梅山路、翡翠路、第四临床医学院、巢湖临床医学院、阜阳临床医学院等5个校（院）区，校园占地面积2086亩，建筑面积73.85万平方米，教学科研设备总值6.63亿元；有20个直属教学机构，13所直属附属医院，7所非直属附属医院；在职教职医护员工（含直属附院）15163人；全日制在校生20367人，其中普通本科生14631人，硕士研究生4906人，博士研究生411人，留学生419人；有40个本科专业；有4个博士后科研流动站，4个一级学科博士点，44个二级学科博士点，1个专业学位博士点，13个一级学科硕士点，76个二级学科硕士点，8个专业学位硕士点；拥有1个国家重点学科。