济宁医学院的前身是创建于1952年的山东省济宁医士学校，位于山东省济宁市，1958年改为济宁医学院，招收第一届本科生；1959年改为济宁医学专科学校； 1987年1月，经原国家教育委员会批准，更名为济宁医学院；2008年4月学校以“优秀”成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。
截至2013年6月，济宁医学院有济宁、北湖、日照3个校区，占地总面积为124万余平方米，建筑面积67万余平方米。学校固定资产总值9.45亿元，其中教学科研仪器设备总值1.9亿元，馆藏图书总量为150余万册。北湖校区坐落在孔孟之乡、礼仪之邦、素有江北小苏州之称的济宁市北湖新区。日照校区坐落在黄海之滨、素有“东方夏威夷”之称的日照市。
截至2013年6月，学校有15个教学院系部，下设35个本科专业和专业方向，涵盖医、理、工、管、文五个学科门类。有1个一级学科专业硕士学位授权点。学校面向全国26个省、市、自治区招生，有全日制在校研究生、本、专科生16800余人。有计划的招收部分国家或地区留学生。