学校前身是1946年10月创建于兰州的国立兽医学院。1950年，改名为西北兽医学院；1951年，改名为西北畜牧兽医学院；1958年，与筹建中的甘肃农学院合并成立甘肃农业大学。2012年6月，甘肃省人民政府和农业部签署协议共建甘肃农业大学。学校从1953年开始招收研究生，是全国首批学士、硕士学位授予单位，第二批博士学位授予单位。
截至2020年12月，学校占地165万平方米，建筑面积66万平方米；设有23个学院（教学部），64个本科专业；拥有4个博士后科研流动站，8个一级学科博士学位授权点，1个交叉学科博士学位授权点，1个专业博士学位授权类别，18个一级学科硕士学位授权点，9个专业学位授权类别；有教职工1480人，专任教师1226人，其中高级职称人员589人；有普通本科在校生17078人，硕士研究生2528人，博士研究生480人。