截止1998年，住房公积金制度已发展到全国231个地级以上城市，437个市、县。全国住房公积金缴存总额达1231亿元，发放住房公积金贷款830亿元。住房公积金在全国的全面推行，促进了全国住房建设，加快了城镇住房制度改革。改革确定期（1999-2002年）1999年3月，国务院第15次常务会议通过了《住房公积金管理条例》，并以中华人民共和国国务院令（第262号）发布并实施，该条例对公积金的覆盖面、使用范围、增值收益的用途、风险防范等内容进行了规范。2002年，《国务院关于修改<住房公积金管理条例>的决定》进一步对住房公积金缴纳主体、监督机构、决策机构及其职能、监管办法及处罚措施等进行了修改和补充。《条例》与《决定》的发布与实施，使得住房公积金制度进入了有法可依的阶段。
2002年以来，建设部、财政部、中国人民银行等监管机构针对我国住房公积金制度的问题，出台了一系列相关措施。2003年发布《关于住房公积金管理中心职责和内部授权管理的指导意见》、2005年发布《关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》、2006年发布《关于加强住房公积金管理等有关问题的通知》，这些法律法规的发布与实施，加强了住房公积金的管理和监督，完善了住房公积金制度，为支持住房消费发挥了越来越重要的作用。
我国住房公积金存在的问题
1.住房公积金的性质不明确目前，住房公积金制度只明确了住房公积金的使用性质，即住房公积金是专属于住房的长期住房储金，但对单位和个人住房公积金来源的属性，对住房公积金的'使用方式没有做出明确的规定，从而影响了住房公积金缴费的合理控制和公积金的合理使用。《住房公积金管理条例》明确规定，住房公积金由个人及单位共同缴纳，归职工个人所有。但是并没有明确规定公积金的职工工资性质，从而使公积金缴费成为扩大国民收入差距的重要渠道，不利于社会公平，不利于住房保障目标的普遍实现。
2.住房公积金政策存在矛盾世界银行2006年发布的《中国经济季报》指出，中国城镇实行的住房公积金可以用来为中低收入群体提供能承受的住房金融，但是却公积金贷款更多的是使高收入家庭受益。我国人民银行在一份报告中也表示过，住房公积金贷款有额度限制，一般较难申请，支持中低收入职工购房的效果不明显。我国财政部财政科学研究院专家刘军民也指出，住房公积金贷款以个人账户缴存余额的一定倍数来确定其贷款额度，这就必然导致收入高、缴存高的职工所获得的住房公积金贷款也多，而低收入者所得到的贷款资助低，有的甚至无法逾越购房首付的门槛。
完善我国住房公积金的对策
1.提高住房公积金运用率住房公积金贷款业务是住房公积金的主营业务，促进住房公积金贷款业务的发展是提高住房公积金运用率的关键。要促进贷款业务的发展，必须改进住房公积金贷款方式，简化贷款与还贷提取手续，放宽贷款条件，实行更为灵活优惠的利率政策，提高贷款服务质量。首先，简化住房公积金贷款与还贷提取手续；其次，实行更为优惠的住房公积金利率；最后，加大对银行代理住房公积金贷款业务的激励与约束。
2.扩大公积金制度的覆盖面我国住房公积金要求在职职工缴交，而对于另一部分人群则采取不理不顾的局面，这在一定程度上损害了我国住房公积金制度的继续发展。提高住房公积金制度的执行力度，扩大公积金覆盖面，使所有就业者都能享受到住房公积金的住房保障功能，是住房公积金制度在改革过程中需要加强的一个重要方面。
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