一、控制测试程序：内部控制审计为财务报表审计提供结论
(一)控制测试程序并非财务报表审计的必需程序
财务报表审计中，注册会计师通过对被审计单位内部控制的了解和评价来决定是否对内部控制的有效性进行测试。如果被审计单位设计的内部控制本身是无效的，或者设计是合理的，但没有得到执行，注册会计师则不必实施控制测试，而是直接实施实质性测试;如果被审计单位所设计的内部控制能够防止或发现并纠正重大错报，即认为内部控制是有效的，注册会计师应当实施控制测试。这样，就进入了两种审计的第二个共同程序，即控制测试程序。
(二)两种审计控制测试程序的区别
在控制测试程序中，内部控制审计与财务报表审计有三点区别：第一，内部控制审计要对被审计单位内部控制的有效性发表审计意见，而财务报表审计仅仅对与财务报表相关的内部控制进行测试。与风险评估程序相同，内部控制审计进行控制测试的广度和深度仍大于财务报表审计所进行的内部控制测试。第二，在内部控制审计中，注册会计师需要获取能够证明内部控制有效的高度相关的证据，对控制测试可靠性的要求较高，样本量较大且选择弹性较小;财务报表审计对控制测试可靠性的要求相对较低，测试的样本量相对较小且存在一定弹性。第三，两者对内部控制缺陷的评价要求也不同。财务报表审计中，注册会计师仅需将内部控制测试识别出的缺陷区分为值得关注的内部控制缺陷和一般内部控制缺陷;而在内部控制审计中，注册会计师需要对识别出的内部控制缺陷进行严格评定，将值得关注的内部控制缺陷进一步区分为重大缺陷和重要缺陷，重大缺陷会影响到审计意见类型。
(三)两种审计在控制测试程序的整合要点
注册会计师为了对内部控制有效性发表恰当的审计意见，需要获取比财务报表审计更多、更广泛、可靠性也更高的审计证据。因此，内部控制审计的控制测试可以直接为财务报表审计提供审计证据甚至提供结论，财务报表审计对内部控制审计在控制测试环节所取得的审计证据及得出的审计结论的充分利用，将使审计效率得到进一步提高。
二、风险评估程序：财务报表审计以内部控制审计为依据
(一)财务报表审计风险评估程序
风险评估程序是内部控制审计和财务报表审计的第一个共同程序。财务报表审计中的风险评估程序，注册会计师需要了解和评价的被审计单位内部控制的范围是与财务报表相关的方面;了解和评价的广度应以是否足以识别和评估财务报表的重大错报风险为衡量标准，如果达到了这一标准，注册会计师即可开始设计和实施下一步的审计程序;了解和评价的深度也基本限于内部控制的设计是否健全及其是否得到有效执行，但其中不包括对内部控制是否得到一贯执行的确定;了解和评价的目的是判断是否可以相应减少实质性测试程序的工作量，以及用来支持财务报告的审计意见类型。
(二)内部控制审计风险评估程序
内部控制审计中的风险评估程序，注册会计师的目的是为了对内部控制本身的有效性发表审计意见，其范围涉及到企业整体的内部控制，内容包括内部环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、内部监督五个方面，并且还需确定内部控制是否得到一贯执行。
(三)两种审计在风险评估程序的整合要点
内部控制审计的风险评估程序了解和评价被审计单位内部控制的广度和深度均超过了财务报表审计，在审计实务中，可以将两者在此程序需要完成的工作整合进行，即风险评估程序中财务报表审计应充分利用内部控制审计所获得的更为广泛的信息，并从中取得进行下一步审计程序的充分依据，这样可以大大降低工作量，避免重复劳动，进而提高了审计效率，降低了审计成本。
三、财务报表审计实质性测试与内部控制审计控制测试：相互利用、相互支持
(一)财务报表审计
实质性测试程序对内部控制审计控制测试程序的影响经过控制测试，财务报表审计进入实质性测试程序。在这一程序中，注册会计师可能会发现被审计单位的财务报表存在错报甚至重大错报，这将会影响内部控制审计中控制测试的时间、性质和范围。这是因为如果现有的内部控制不能防止或发现并纠正这些错报甚至重大错报，就意味着在错报相应的控制点上可能存在内部控制缺陷，这将为注册会计师进一步审查内部控制缺陷提供重要线索。
(二)内部控制审计
控制测试程序对财务报表审计实质性测试程序的影响在内部控制审计的控制测试程序中发现的内部控制缺陷能为注册会计师在财务报表审计中对哪些交易和认定重点实施审计指明了方向，因为如果发现内部控制存在某项重大缺陷，则财务报表在相应的账户就可能存在重大错报，就会影响财务报表审计中实质性测试的时间、性质和范围，审计人员应当根据实际发现的内部控制缺陷对实质性测试的审计程序进行调整。
(三)财务报表审计
实质性测试与内部控制审计控制测试的整合要点对于两种审计的整合来说，财务报表审计的实质性测试与内部控制审计的控制测试是相互利用、相互支持的，将两种审计在这两个程序所取得的审计证据及得出的审计结论相互利用、相互支持能提高审计效率，降低审计风险，最大限度地保证审计质量。
四、审计计划的综合制定
内部控制审计和财务报表审计整合进行的审计计划制定是以对审计程序的整合要点分析为基础的，因此在分析了两种审计的审计程序整合要点之后，具体阐述如何根据整合要点综合制定审计计划。
(一)两种审计方式审计计划制定的重点
为达到充分整合内部控制审计和财务报表审计的目的，内部控制审计和财务报表审计应尽量由同一组审计人员实施，两种审计的审计计划也应共同制定。结合以上对审计程序的分析，对被审计单位的风险评估程序和控制测试程序主要由内部控制审计完成，在内部控制审计计划中应详细制定这两项审计程序的计划，在财务报表审计计划中可以对这两项审计程序的计划简化表述，但应重点对实质性测试程序的计划详细编制。
(二)审计计划的持续修订是审计质量的重要保证
随着审计工作的推进，注册会计师要根据审计发现的新情况、新问题，适时对总体和具体的审计计划做出调整和修正。具体来讲，如果审计人员在内部控制审计计划实施过程中发现内部控制存在重要缺陷，审计人员应及时修正财务报表审计的实质性测试计划。同样，如果在财务报表实质性测试中发现财务报表存在重大错报，也应该考虑该重大错报对内部控制审计计划的影响，考虑是否增加内部控制审计的具体程序，扩大审计范围，以保证审计发现内部控制设计及运行中的重大缺陷。需要特别指出的是，对审计计划的调整和修正应贯穿于整个审计业务的始终，以保证审计计划能够对两种审计的整合进行起到重要的规划和指导作用，有效地提高审计质量，最大限度地降低审计风险。
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