一、事业单位财务管理存在的问题
(一)监督机制不健全
一些事业单位的监督机制并不健全，很多事业单位缺少内部监督机制的制约和监督。一些单位的领导不重视内部控制系统的建设，内部控制系统并不完善。内部审计是组成内部控制的一部分但有些事业单位虽然设置了内部审计的岗位，但却安排一些不懂财务和审计的人员来担任这方面的工作，有一些事业单位甚至都没有设置内部审计岗位，这使得内部审计监督质量没有办法得到保证。一些事业单位的主管部门与事业单位之间除了存在正常利益关系以外还存在其他利害关系，使得主管部门监管功能缺失，放松了对基层事业单位的监管力度。由于对事业单位缺少了有效的监督导致了一些事业单位出现很多违规现象，也导致了单位中的领导者和财务管理人员财经法纪观念淡薄，财务管理信息失真问题日益严重，不利于事业单位职能的发挥。
(二)会计基础工作比较薄弱
有些事业单位对原始凭证审核不认真，很多原始凭证规定的内容没有填写完全，比如有的凭证不填数量和单价，或没有经于人签字、只有领导签批等。有些事业单位对会计记账凭证摘要填写的过于笼统，对经济业务的具体情况和内容不能说明清楚。一些单位没有设置总账，没有使用财政部门统一印制的账簿，混用银行存款日记账和现金日记账，更正登记账簿上面的错误时使用的方法也不规范。还有一些单位财务报告内容不完整，没有财务状况说明和报表附注，只有报表。这些现象都说明了现阶段我国部分事业单位的会计基础工作仍然比较薄弱。
(三)预算编制不够精确，预算执行不够规范
一些事业单位不重视预算编制，虽然国家预算管理要求事业单位应根据事业发展的计划来编制年度财务收支计划，但一些单位在编制预算时没有对本年度事业计划对预算的要求进行客观地分析而只是简单的采用增量预算法，即在往年预算的基础上增加一个系数来编制预算，这就导致了编制的预算和事业发展的规模与速度并不适应。部分事业单位对资金的收入与支出管理不规范，预算外资金理应纳入单位预算管理，进行统一管理和核算，但一些单位并没有将其纳入单位预算。有些单位对支出审批制度不严格，对资金的用途随意进行改动，扩大了开支的范围，导致部分单位经费使用出现前松后紧的现象。
部门预算编制在安排项目支出预算时人为因素较多，使得预算编制存在一定的随意性和盲目性。一些部门的某些项目缺乏必要的论证，使资金和应办的项目脱节，专项资金支出范围存在着模糊性和不确定性。一些部门对业务活动的开支情况通常是列出一个粗略的包干支出数，业务经费的用途与数目并不清楚，而仅靠预算编制部门难以进行准确的核算论证，这就不利于相关部门编制预算的准确性，导致在预算执行过程中追加和调整预算的现象较为普遍，也不利于项目绩效考核的进行。
有的事业单位经费开支不够规范，超发津贴、补贴、奖金、超支业务招待费的现象较为普遍，未能把支出控制在事业单位财务制度及其相关法规规定的标准之内。一些事业单位对专项经费的管理不够规范，挤占、挪用事业单位专项经费的现象较为普遍，不利于专项经费资金效益的完全发挥。部分单位没有做到专款专用，在项目支出资金管理使用中，没有界定清楚基本支出和项目支出的界限，为维持日常公用支出，经常利用项目支出来弥补基本支出经费的不足。还有一部分单位在使用专项资金的过程中，没有树立讲求经济效益的理财理念，对项目资金实际使用缺乏有效地监督和考核。财务部门在对经费进行管理的过程中，通常忽视资金使用前的预测和使用中的控制，一般是进行事后核算，很少对资金使用效率进行考核，面对经费收支的考核也只是停留在表面平衡上，致使资金的使用效率低下。
(四)固定资产管理薄弱
长期以来，固定资产管理一直是事业单位的薄弱环节，资产使用效率低，存在资产闲置浪费、处置不规范等不良现象，资产流失比较严重。一些事业单位存在着家底不清、账实不符的问题，实际已经报废或完全失去使用价值的资产却长期挂账未作任何处理;一些单位存在着大量的账外资产没有入账，导致资产处置更加随意;还有一些单位物资和工程项目没有通过政府采购和招投标，自行采购的公开透明度较差，更易出现侵吞国有资产现象，造成了国有资产的大量流失。
(五)缺乏财务管理意识财务人员素质有待提高
一些事业单位领导不重视财务管理工作，缺乏财务管理意识没有充分发挥出财务管理应有的辅助决策和监督控制功能。有些领导对财务管理方面的政策和规定并不是很了解，不懂得对财务状况应用会计信息来进行分析，难以在经营运作中做出正确的经济决策。一些财务管理工作者认为财务管理工作只是简单的算账，对财务管理工作的重要性缺乏足够的重视。还有一些事业单位的领导以及财务管理者没有把财务管理与业务管理联系起来，把财务管理工作停留在表面，致使两者严重脱节，不利于发现事业单位财务管理深层次存在的问题。很多事业单位财务管理人员财务知识落后，专业技能水平不高，缺乏专业的系统学习以及后续教育，不能及时补充新的财务以及会计知识，不利于事业单位财务管理工作的顺利进行。
二、如何加强事业单位的财务管理
(一)完善事业单位的监督机制。
为完善事业单位的内部监督机制，事业单位领导应充分重视单位内部审计机构的设置以及相关财务人员的配备，使事业单位内部潜在的`风险可以得到及时地批漏。为完善事业单位的监督机制，国家应进一步和完善事业单位的会计法规体系，使得事业单位监督工作有相关的法律规定相依循。要事业单位的监督内容具体化，建立起量化的财务监督模式，使财务指标具有较强的可操作性。
(二)加强事业单位会计基础工作
加强事业单位会计基础工作，应设立稽核岗位和稽核人员，行对各种凭证进行核查，并要明确责任，督促核查人员认真仔细的工作。应加强对收款票据的管理，对空自票据的保管、填开、收款和审核进行分工负责。要正确使用票据和规范填写票据，填写的内容要清楚、真实，并要已经开完的票据及时销号，避免票据丢失现象的发生。还应规范凭证流转程序严格分离开票、经办、审核、审批收付款等职责，强化会计核算。
(三)加强预算管理，推行全面预算管理
为加强预算管理，单位应当根据自身特点对预算控制制度进行完善严格执行各项标准。还应对预算方法进行改革细化各部门的预算，利用预算的绩效来衡量预算资金使用的有效性。预算管理中的必要环节是对预算执行情况的考核，对预算执行情况的总体评价即预算考核不仅是预算控制和纠偏的基础，也是下一年度进行预算编制的条件，因此很有必要对预算执行结果进行总结。事业单位应将各项收入进行统一核算和管理.各项收费应严格遵守国家规定的收费范围及标准，同时要健全服务收入分配制度，在拓展服务和经营范围的同时要处理好社会和经济效益的关系。事业单位应严格执行国家规定的开支范围和标准，严格执行支出审批程序，应按实例支各项费用，加强对专项资金的管理和监督。
由于预算管理涉及方面较广，而财务部门的职能有限，在整个单位内无法有效地实施预算管理，为提高预算管理水平，应成立专门的预算管理组织。单位领导层应高度重视和支持预算管理组织任命单位负责人为组长，使其具有权威性。全面预算是将单位的决策目标及其资源配置以预算的方式加以量化，并使之得以实现的单位内部管理活动或过程的总称，由预算的编制、执行、考核、评价与激励组成的管理控制系统。在实施全面预算管理时，应对本单位人员编制、资产分布、工作量等情况进行全面的了解，来确定本单位各项事业发展计划;应根据上年预算执行情况，以单位事业收入为重点，并结合行业特点和其他相关因素来确立单位收支目标，还应对本单位收支目标进行合理的分解。单位还应按“自上而下，自下而上，上下结合，多次平衡”的方式层层落实到科室、业务收入部门，要建立预算责任制度和评价与激励机制，以保证全面预算的有效执行。
(四)加强对固定资产的管理
事业单位应严格执行国家有关政策，遵守单位内部资产管理制度，对单位固定资产进行及时盘查定期清查，通过账务清理做到账账相符、账表相符，确保单位账务的完整性和真实性。加强对固定资产的管理，应加强固定资产的机构管理，在钱物分离、分级负责、责任到人等原则的基础上进一步明确各部门的职责。加强对固定资产的管理，还应加强对固定资产的日常管理。事业单位应结合自身的实际情况，在国有资产管理部门的指导下，设计制定一套完善合理的事业单位固定资产日常管理的流程，确立固定资产管理的环节和内容，健全相应的管理制度，是固定资产的管理有章可循。
(五)增强财务管理意识，提高财会人员的综合素质
会计人员应善于运用法律进行财务监督，做到认真执法，严格执法。应充分重视财务管理的作用，它是事业单位一切管理活动的重要物质基础。事业单位财务管理者应不断进行财务创新，树立起竞争意识和经济效益观念，在资金的运营上应讲究投入产出比，充分利用有限的资金，实现效益最大化。应加强事业单位的财务人员后期教育，利用绩效考评制度对财务人员的工作的质量进行考核并以此对其进行奖惩，推动财务人员素质的提高，使其更好的适应单位发展的要求。