《专项资金管理办法》分总则、资金预算与分配、资金使用与拨付、资金管理与监督、附则5章31条，自2012年1月1日起执行，下面是详细内容。
专项资金管理办法
第一章 总 则
第一条 为加强财政专项扶贫资金管理，提高资金使用效益，依据《中华人民共和国预算法》和国家有关扶贫开发方针政策等制定本办法。
第二条 财政专项扶贫资金是国家财政预算安排用于支持各省(自治区、直辖市)农村贫困地区、少数民族地区、边境地区、国有贫困农场、国有贫困林场、新疆生产建设兵团贫困团场(以下简称各地)加快经济社会发展，改善扶贫对象基本生产生活条件，增强其自我发展能力，帮助提高收入水平，促进消除农村贫困现象的专项资金。
本办法所指扶贫对象是指根据中央扶贫标准、地方扶贫标准识别认定的农村贫困家庭、贫困人口。
第三条 中央财政预算安排的财政专项扶贫资金按使用方向分为发展资金、以工代赈资金、少数民族发展资金、“三西”农业建设专项补助资金、国有贫困农场扶贫资金、国有贫困林场扶贫资金、扶贫贷款贴息资金。
第四条 财政专项扶贫资金中的以工代赈资金依照发展改革委制定的有关以工代赈管理办法进行管理。
“三西”农业建设专项补助资金依照财政部会同国务院扶贫办制定的有关“三西”农业建设专项补助资金使用管理办法进行管理。
少数民族发展资金、国有贫困农场扶贫资金和国有贫困林场扶贫资金的管理，由财政部分别会同国家民委、农业部、国家林业局，根据资金用途的特点，依据本办法另行规定。
扶贫贷款财政贴息资金的管理由财政部会同国务院扶贫办、中国残疾人联合会，根据资金用途的特点，依据本办法另行规定。
第二章 资金预算与分配
第五条 中央财政贯彻中国农村扶贫开发纲要精神，依据减贫工作需要和财力情况，在年度预算中安排财政专项扶贫资金。
地方各级财政根据各地减贫工作需要和财力情况，每年预算安排一定规模的财政专项扶贫资金，并逐年加大投入规模。省级财政安排的财政专项扶贫资金规模应达到中央补助各省(自治区、直辖市)财政专项扶贫资金规模的一定比例，有关资金投入情况作为绩效评价的重要因素。
第六条 中央财政专项扶贫资金主要投向国家确定的连片特困地区和扶贫开发工作重点县、贫困村，其中新增部分主要用于连片特困地区。
中央财政专项扶贫资金分配坚持向西部地区(包括比照适用西部大开发政策的贫困地区)、贫困少数民族地区、贫困边境地区和贫困革命老区倾斜。
第七条 中央财政专项扶贫资金主要按照因素法进行分配。资金分配的因素主要包括各地扶贫对象规模及比例、农民人均纯收入、地方人均财力、贫困深度等客观因素和政策性因素。客观因素指标取值主要采用国家统计局等有关部门提供的数据。政策性因素主要参考国家扶贫开发政策、中央对地方扶贫工作考核及财政专项扶贫资金使用管理绩效评价情况等。
地方各级财政安排的财政专项扶贫资金应主要采取因素法分配，资金分配的因素及指标取值由各地自行确定。
第三章 资金使用与拨付
第八条 各地应按照国家扶贫开发政策要求，结合当地扶贫开发工作实际情况，紧密围绕促进减贫的目标，因地制宜确定财政专项扶贫资金使用范围。各地确定的'财政专项扶贫资金使用范围必须遵循如下基本方向：
(一)围绕培育和壮大特色优势产业，支持扶贫对象发展种植业、养殖业、民族手工业和乡村旅游业;承接来料加工订单;使用农业优良品种、采用先进实用农业生产技术等。
(二)围绕改善农村贫困地区基本生产生活条件，支持修建小型公益性生产设施、小型农村饮水安全配套设施、贫困村村组道路等，支持扶贫对象实施危房改造、易地扶贫搬迁等。
(三)围绕提高农村扶贫对象就业和生产能力，对其家庭劳动力接受职业教育、参加实用技术培训给予补助。
(四)围绕帮助农村扶贫对象缓解生产性资金短缺困难，支持贫困地区建立村级发展互助资金，对扶贫贷款实行贴息等。
(五)围绕编制、审核扶贫项目规划，实施和管理财政专项扶贫资金和项目而发生的项目管理费。
第九条 财政专项扶贫资金及中央财政专项扶贫资金项目管理费不得用于下列各项支出：
(一)行政事业单位基本支出。
(二)各种奖金、津贴和福利补助。
(三)弥补企业亏损。
(四)修建楼、堂、馆、所及贫困农场、林场棚户改造以外的职工住宅。
(五)弥补预算支出缺口和偿还债务。
(六)大中型基本建设项目。
(七)交通工具及通讯设备。
(八)城市基础设施建设和城市扶贫。
(九)企业担保金。
(十)其他与本办法第八条使用规定不相符的支出。
第十条 中央财政根据补助地方财政专项扶贫资金规模(不含扶贫贷款贴息资金)，按照2%的比例提取项目管理费。各地不得再以任何理由、任何方式从中央财政补助地方财政专项扶贫资金中提取任何费用。
中央财政提取的财政专项扶贫资金项目管理费，依据补助地方的财政专项扶贫资金规模(不含扶贫贷款贴息资金)分配地方使用。其中安排到县级的比例不得低于90%。
中央财政专项扶贫资金项目管理费实行分账管理，专门用于扶贫规划编制、项目评估、检查验收、成果宣传、档案管理、项目公告公示、报账管理等方面的经费开支，不得用于机构、人员开支等。
第十一条 地方财政部门可以根据扶贫开发工作需要，预算安排一定规模的财政专项扶贫资金项目管理费，或者比照中央财政提取财政专项扶贫资金项目管理费的比例，从地方财政本级安排的财政专项扶贫资金中提取项目管理费。安排或提取项目管理费的规模及具体比例、分配和使用管理办法由各地自行确定。
第十二条 各地要充分发挥财政专项扶贫资金的引导作用，拓宽扶贫开发投入渠道，加大整合支持农村贫困地区各类资金的力度，统筹安排、集中使用，以提高资金使用效益。
第十三条 财政部在国务院扶贫开发领导小组批准年度资金分配方案后，及时将中央财政专项扶贫资金拨付到各省(自治区、直辖市)财政厅(局)，上划新疆生产建设兵团财政专项扶贫资金预算指标。
财政部采取提前下达预算等方式，将中央财政专项扶贫资金按一定比例提前下达各省(自治区、直辖市)财政厅(局)。
第十四条 各省(自治区、直辖市)财政厅(局)要加快财政专项扶贫资金执行进度。收到中央财政专项扶贫资金拨款文件后，及时将资金下拨到县(市、旗、区)，同时将拨款文件报送财政部。
第十五条 财政专项扶贫资金使用中属于政府采购范围的，应当按照政府采购有关规定执行。
第十六条 各级财政部门及新疆生产建设兵团要按照财政国库管理制度的有关规定，及时办理财政专项扶贫资金支付手续。
第四章 资金管理与监督
第十七条 与财政专项扶贫资金使用管理相关的各部门根据以下职责分工履行财政专项扶贫资金使用管理职责。
(一)财政部门负责财政专项扶贫资金的预算安排、拨付、管理和监督检查，会同相关部门拟定补助地方财政专项扶贫资金的分配方案。
(二)财政部商国务院扶贫办拟定补助地方财政专项扶贫资金(发展资金)的分配方案。
发展改革委商财政部、国务院扶贫办拟定以工代赈资金分配方案。
国务院扶贫办商财政部汇总平衡提出统一分配方案，上报国务院扶贫开发领导小组审定。由国务院扶贫开发领导小组通知各省(自治区、直辖市)人民政府，同时抄送各省(自治区、直辖市)财政厅(局)、发展改革委和扶贫办。发展改革委下达以工代赈计划，财政部拨付资金。
(三)财政部门要加强财政专项扶贫资金的日常管理和监督检查，扶贫、发展改革、民委、农业、林业、残疾人联合会等部门要加强相关财政扶贫项目的管理，确保项目实施进度，充分发挥财政专项扶贫资金使用效益。
(四)国务院扶贫办、发展改革委、国家民委、农业部、林业局、中国残疾人联合会等部门应及时将年度财政专项扶贫资金使用管理情况报送财政部，发展改革委、国家民委、农业部、林业局、中国残疾人联合会等部门的报告同时抄送国务院扶贫办。