随着剧情的不断推进，很多宇宙的知识都被引入到小说里了。
小说引入了新的角色，云天明，一个身患绝症准备执行安乐死的人，但再临时执行前因为多年前的一个主意获得一大笔财富，用这笔财富买了一个很遥远的星球，没错就是买了一颗在当时科技情况下一生都无法到达的星球，送给了一个喜欢的女孩——程心(这是另一个主人公)。程心参与(PIA)向三体舰队发射探测器的工作，称之为阶梯计划，将放弃安乐死的云天明的大脑送入太空，发射到三体星球，期间因为技术故障导致发射偏离预定方向，但最终成功到达三体星球，并成功了三体著名的作家，讲述地球童话，通过童话透露了很多三体的事情和技术。
在罗辑掌握了百年三体坐标的执剑人后(执剑人是掌握三体坐标，如果三体世界进攻地球，执剑人则向宇宙发射三体坐标，从而三体星球将收到宇宙其他高级星球的攻击)，程心成了第二代执剑人，但刚接受后，三体星球武器，水滴对地球发动了攻击，导致地球沦陷。
根据三体世界的要求，地球的所有人口都将被限制在澳大利亚范围内活动，面临着全世界都大迁移，大部分地球人都被奴役，少部分地球人开始反击，迁移过程导致一系列生存、迁移、人性问题的产生，是真正的世界末日。
纬度世界中的自己，如果高纬度看，那么将都能看到在地球未收到三体世界攻击之前，在警示下继续逃离的“蓝色空间”号，受到具有发射引力波能力的“万有引力”号与两个同行的“水滴”追击，其上的人员进入四维空间摧毁水滴并占领了“万有引力”号，启动引力波广播向宇宙公布了三体星系的坐标，也正是因为这件事情，三体放弃了地球，因为地球乃至太阳系都已经暴露在宇宙中，同事宣告地球的掩体计划失败。宇宙的高级生物向发射一张卡片大小的“二向箔”，使整个太阳系压缩为二维平面而毁灭。(比三体世界更高级的文明。二向箔，一种维度攻击武器，简单的说就是平时的世界是三维的，直接压缩成二维的，没有任何厚度的空间，换言之，就是把太阳系变成了没有厚度的二维，没有任何星球或者生物存活或者存在)。程心乘坐唯一人类唯一一艘能达到光速的飞船，在冥王星见到了地球文明博物馆的“守墓人”罗辑，带走人类文明的精华，逃离了太阳系。
宇宙中存在的高级生物，要重启宇宙，将一切归零，在程心生活了1800万年后，从小宇宙(用能量开辟出来的不受外界影响的空间)，出来后，重新回到了大宇宙。
在这部里面，作者制造了很多矛盾点，发引了对人性和道德的拷问。比如，在第二部里认为地球即将灭亡逃离地球的飞船，在地球的欺骗下回到了地球，却接受了以反人类罪的罪名。很多时候，我们都没办法去衡量和评论道德，就如人们所说，你不知道我经历了什么，你就没资格评价我一样。
我们都习惯于用道德绑架别人，每每谈论时都会将自己放在道德的'制高点上。正如心理学界有个很有意思的例子：
有个疯子，他把三个人绑到一条轨道上，把一个人绑到另一条轨道上，这时有一列火车向那三个人开来，你手边有一个装置可以改变火车轨道，但会行驶向另一个人的轨道上，火车刹不了车，就会撞另一个人，你会选择救那三个人而改变轨道撞另一个人...
这个问题相信大部分人的选择都一样，但不管怎么选，你仍旧会收到道德上的谴责。因为很简单，那个改变火车轨道的装置不在你手里。
就像这部书里的罗辑一样，为了人类的存亡独守了一百多年，但当卸下肩上的责任时候，在门口等待的确是反人类罪的罪名(当然，最后没有成型)。
书中讲述的在浩瀚的宇宙中，其实很拥挤，作者呈现开我们一个完全陌生甚至无法理解的宇宙。我相信，作者是孤独时，就像是一个人行走在孤单的宇宙，没有着落，一只悬浮，一只飘着......
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